基礎(chǔ)生物化學(xué)學(xué)習(xí)總結(jié)
基礎(chǔ)生物化學(xué)學(xué)習(xí)總結(jié)
生物化學(xué)是研究生命有機(jī)體的化學(xué)組成、維持生命活動(dòng)的各種化學(xué)變化及其相互聯(lián)系的科學(xué),即研究生命活動(dòng)化學(xué)本質(zhì)的學(xué)科。生物化學(xué)是運(yùn)用化學(xué)的原理和方法,研究生物體的物質(zhì)組成和遵循化學(xué)規(guī)律所發(fā)生的一系列化學(xué)變化,進(jìn)而深入揭示生命現(xiàn)象本質(zhì)的一門學(xué)科,有生命的化學(xué)之稱。生物化學(xué)是現(xiàn)代生物學(xué)的基礎(chǔ),它與許多學(xué)科交叉滲透,是生命科學(xué)發(fā)展的支柱。因此,奠定堅(jiān)實(shí)的生物化學(xué)基礎(chǔ)已成為多種學(xué)科科技工作者的共同需要。我們身為林產(chǎn)化工專業(yè)的學(xué)生,自然要踏實(shí)掌握好并學(xué)會(huì)運(yùn)用生物化學(xué)的知識(shí)。
通過(guò)這學(xué)期對(duì)生物化學(xué)的學(xué)習(xí),我知道了核酸、蛋白質(zhì)、酶、糖類、脂類是幾大主要研究物質(zhì),不僅要熟知并理解它們的種類、概念、結(jié)構(gòu)、性質(zhì)以及化學(xué)合成反應(yīng),還要學(xué)習(xí)其分解代謝,氧化途徑、酶促降解、生物合成等等,這些都是我們要熟練掌握的知識(shí)點(diǎn)。然而生物化學(xué)這門課,相對(duì)于我們理工科學(xué)生所學(xué)的其他課程來(lái)說(shuō),是需要比較多時(shí)間去背誦記憶的。我想這對(duì)于我們來(lái)說(shuō)是很大一個(gè)難點(diǎn)。生化里面囊括的知識(shí)點(diǎn)很多,也許這就得靠我們自己去總結(jié)歸納,去理解背誦。但這些內(nèi)容并非一朝一夕所能理解吸收的,無(wú)論哪門課程,都是需要時(shí)間去好好學(xué)習(xí),都是厚積薄發(fā)、循序漸進(jìn)的過(guò)程。而且就像老師所說(shuō),我們學(xué)習(xí)生物化學(xué),不只是為了應(yīng)付結(jié)課的這一次考試,更是要理解這些知識(shí),掌握這些知識(shí),并能將其很好地運(yùn)用到以后的學(xué)習(xí)和實(shí)踐當(dāng)中。而且對(duì)于我們林產(chǎn)化工專業(yè)來(lái)說(shuō),我認(rèn)為生物化學(xué)這門課的學(xué)習(xí)是不可或缺的。說(shuō)到這門課的學(xué)習(xí),還記得剛開課時(shí)老師有讓我們寫下自己的安排計(jì)劃,當(dāng)時(shí)我是這樣寫的:課前仔細(xì)預(yù)習(xí),課堂上認(rèn)真聽講,課后好好復(fù)習(xí),F(xiàn)在看來(lái)這樣的計(jì)劃是有點(diǎn)理想化,其他的課業(yè)作業(yè)活動(dòng)一多起來(lái),就根本沒(méi)有時(shí)間完成計(jì)劃。也許我是在為自己找借口,總之到了最后的學(xué)習(xí)狀況與一開始的預(yù)想有很大的出入,這是很不該的。到了現(xiàn)在最后的復(fù)習(xí)階段,之前的就不懊惱了,只想著好好復(fù)習(xí),希望能在期末取得一個(gè)好成績(jī)。
最后是在老師的教學(xué)上,李老師是個(gè)很認(rèn)真負(fù)責(zé)的老師。雖然剛開始作業(yè)比較多,但老師也是希望我們能熟悉課本并學(xué)會(huì)歸納總結(jié)。雖然我們?cè)孤曒d道,但在現(xiàn)在的復(fù)習(xí)階段,當(dāng)時(shí)所做的那些總結(jié)給我們帶來(lái)很大的方便,也使我們形成了一種良好的學(xué)習(xí)思維,更有助于復(fù)習(xí)。老師也給我們提供了很多方便記憶的生化背誦順口溜,能讓我們更快的理解知識(shí)。而且老師還有給我們提供一個(gè)公共郵箱,里面有很多的學(xué)習(xí)資料和相關(guān)知識(shí),都能給我們的學(xué)習(xí)帶來(lái)很大的幫助。不過(guò)在課堂上,還是希望老師以后在講課中能給我們多提供些條理幫助我們疏通思路,并能結(jié)合一些實(shí)際言傳身教讓我們更好理解內(nèi)容,并且還可以從多個(gè)角度探討問(wèn)題能夠讓我們理解更透徹學(xué)得更精通。不過(guò)李老師還是教給了我們很多知識(shí),也給我們帶來(lái)了一學(xué)期這么精彩的生物化學(xué)課堂,在此表示對(duì)老師的感謝。
擴(kuò)展閱讀:基礎(chǔ)生物化學(xué)總結(jié)
基礎(chǔ)生物化學(xué)第一章蛋白質(zhì)生物大分子特性:1相對(duì)分子質(zhì)量大2有特定的生物活性物質(zhì)
氨基酸是蛋白質(zhì)基本單位
蛋白質(zhì)含量=蛋白氮*6.25(凱氏定氮法)常見氨基酸二十種:
特殊氨基酸:甘氨酸(R基是H)脯氨酸(唯一的雜環(huán)亞氨基酸)氨基酸的重要化學(xué)性質(zhì):(1)亞硝酸反應(yīng):反應(yīng)放出氮?dú),氮(dú)庖话雭?lái)自氨基氮,一半來(lái)自亞硝酸,通常情況下測(cè)定生成的氮?dú)獾捏w積量即可計(jì)算氨基酸的量,此反應(yīng)可用于測(cè)定蛋白質(zhì)的水解程度。甲醛反應(yīng):間接滴定法
Sanger反應(yīng):(與2,4-二硝基氟苯反應(yīng))DNFB只與多肽或蛋白質(zhì)N端的AA起反應(yīng),生成DNP-多肽或DNP-蛋白質(zhì),當(dāng)用酸水解時(shí),所有的肽鍵被切開,只有DNP基仍連在N端AA上,形成黃色的DNP-AA,利用DNP-AA在有機(jī)溶劑中的溶解度與其他AA不同,可以用乙醚把DNP-AA抽提出來(lái),從而與其他AA分開,所得DNP-AA經(jīng)紙層析,從紙層析圖譜上黃色斑點(diǎn)的位置可鑒定N端AA的種類和數(shù)目。
吸光性:構(gòu)成蛋白質(zhì)的20種氨基酸在可見光區(qū)都沒(méi)有光吸收;在遠(yuǎn)紫外區(qū)(化層(表面極性AA對(duì)水親合性);③帶電荷(在非等電點(diǎn)時(shí),相同蛋白質(zhì)顆粒帶同種電荷,相互排斥)。
具有布朗運(yùn)動(dòng)、丁達(dá)爾效應(yīng)、電泳現(xiàn)象、吸附現(xiàn)象以及不能透過(guò)半透膜等膠體溶液的性質(zhì)。利用其不能透過(guò)半透膜性質(zhì),建立透析法可分離、純化蛋白質(zhì)。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)溶液部分失水或達(dá)到一定濃度的蛋白質(zhì)溶液冷卻時(shí)可形成凝膠,如豆腐、奶酪、魚湯凍、豬腳湯凍。膠凝作用的逆過(guò)程為膠溶作用,如為干凝膠的種子在發(fā)芽時(shí)大量吸水。
三、變性與復(fù)性
變性:在理化因素的影響下,天然蛋白質(zhì)分子內(nèi)部原有的高級(jí)結(jié)構(gòu)發(fā)生變化時(shí),
其理化性質(zhì)和生物學(xué)功能都隨之改變或喪失,但并未導(dǎo)致一級(jí)結(jié)構(gòu)的變化,這種現(xiàn)象叫變性作用。變性實(shí)質(zhì)為分子中各種次級(jí)鍵被破壞(有時(shí)包括二硫鍵),其空間構(gòu)象從緊密有序狀態(tài)變成松散無(wú)序狀態(tài),但不涉及一級(jí)結(jié)構(gòu)破壞。
引發(fā)變性的因素
物理因素:加熱、紫外線、X射線、超聲波、劇烈振蕩、攪拌或高壓等。化學(xué)因素:強(qiáng)酸、強(qiáng)堿、脲、胍、重金屬鹽、生物堿、有機(jī)溶劑等。
變性伴隨的表現(xiàn)
功能上:生物活性喪失;
理化性質(zhì)上:紫外吸收和粘度增大,溶解度、滲透壓和擴(kuò)散速度降低,易絮凝、
不易結(jié)晶(可判斷蛋白質(zhì)是否為天然構(gòu)象),疏水基團(tuán)外露,側(cè)鏈反應(yīng)增強(qiáng),對(duì)酶的作用敏感,易被水解。
復(fù)性:引起蛋白質(zhì)變性的條件不很劇烈,其三維結(jié)構(gòu)破壞不很嚴(yán)重的情況下,除去變性因素后,變性的蛋白質(zhì)可緩慢恢復(fù)其天然構(gòu)象,并恢復(fù)原有的理化性質(zhì)和生物活性,這種現(xiàn)象稱為復(fù)性。
四、沉淀沉淀:蛋白質(zhì)分子因脫水、失去電荷、變性或生成難溶鹽而從溶液中沉淀析出的現(xiàn)象。引發(fā)沉淀的因素:高濃度中性鹽、有機(jī)溶劑、重金屬鹽、生物堿試劑、加熱高濃度中性鹽:加入高濃度的中性鹽(如(NH4)2SO4、Na2SO4、NaCl),可破壞蛋白質(zhì)的水
化層,中和蛋白質(zhì)的電荷,從而使蛋白質(zhì)沉淀析出,此現(xiàn)象稱為鹽析,該方法不會(huì)
使蛋白質(zhì)產(chǎn)生變性,是最常用的蛋白質(zhì)沉淀方法。球蛋白通常不溶于純水,而溶于稀中性鹽溶液,其溶解度隨稀鹽濃度的增加而增大,這稱為鹽溶。
有機(jī)溶劑:在蛋白質(zhì)溶液中加入能與水互溶的有機(jī)溶劑,如乙醇、丙酮等,可破壞蛋白質(zhì)的
水化膜,使蛋白質(zhì)沉淀。此法常在低溫條件下進(jìn)行,否則有機(jī)溶劑與水互溶產(chǎn)生的
溶解熱會(huì)使蛋白質(zhì)產(chǎn)生變性。
重金屬鹽:重金屬鹽可與蛋白質(zhì)中帶負(fù)電的基團(tuán)結(jié)合使蛋白質(zhì)沉淀,同時(shí)還會(huì)使之變性。
生物堿試劑:生物堿試劑一般為弱酸性物質(zhì),如單寧酸、苦味酸、三氯乙酸等。蛋白質(zhì)在酸
性條件下帶正電,能與生物堿試劑的酸根離子結(jié)合而產(chǎn)生沉淀。
加熱:幾乎所有蛋白質(zhì)都因加熱變性而凝固;少量鹽可促進(jìn)凝固;當(dāng)處于蛋白質(zhì)等電點(diǎn)時(shí),加熱凝固迅速而完全。
蛋白質(zhì)分類:按形狀分:球狀蛋白,纖維蛋白按功能分:活性蛋白、非活性蛋白按化學(xué)成分:簡(jiǎn)單蛋白、結(jié)合蛋白
第二章酶酶是由活細(xì)胞產(chǎn)生的,具有催化活性和高度專一性的特殊生物大分子,包括蛋白質(zhì)和核酸。
酶的催化特性:催化效率高、高度專一性、易失活、催化活性可調(diào)控、催化活性與輔酶因子有關(guān)
三、酶的化學(xué)本質(zhì)
絕大多數(shù)酶為蛋白質(zhì),這是因?yàn)椋?/p>
①酶水解最終產(chǎn)物為氨基酸,酶能被蛋白水解酶水解失活;
②酶是具有空間結(jié)構(gòu)的生物大分子,凡是能使蛋白質(zhì)變性的因素都能使酶喪失活性。
③酶為兩性電解質(zhì),各自具有特定的等電點(diǎn);④酶具有不能透過(guò)半透膜等膠體性質(zhì);⑤酶也有蛋白質(zhì)所具有的顯色反應(yīng)。
按酶的催化反應(yīng)類型分:氧化還原酶、轉(zhuǎn)移酶、水解酶、裂合酶、異構(gòu)酶、合成酶一般催化劑的特征
可加快化學(xué)反應(yīng)的速度,但在本身反應(yīng)前后不發(fā)生改變;只能縮短到達(dá)平衡的時(shí)間,不改變反應(yīng)的平衡點(diǎn);
只能催化本來(lái)能進(jìn)行的反應(yīng),即熱力學(xué)上允許的反應(yīng);本質(zhì)為降低反應(yīng)的活化能。維生素A又稱抗干眼病維生素維生素D又稱為抗佝僂病維生素維生素E又稱生育酚維生素K又稱凝血維生素酶的專一性
(一)結(jié)構(gòu)專一性
絕對(duì)專一性:一種酶只作用于一種底物。
相對(duì)專一性:一種酶能夠作用于結(jié)構(gòu)上類似的一系列化合物。(二)立體異構(gòu)專一性
旋光異構(gòu)專一性:底物具有旋光異構(gòu)體時(shí),酶只能作用于其中的一種順?lè)串悩?gòu)專一性:底物具有幾何異構(gòu)體時(shí),酶只能作用于其中的一種潛手性專一性:酶只作用于對(duì)稱分子等同基團(tuán)中的一個(gè)
活性中心:指酶分子中直接參與底物結(jié)合及催化作用的氨基酸殘基的側(cè)鏈基團(tuán)按一定空間結(jié)構(gòu)所組成的區(qū)域,又稱活性部位(activesite)。
結(jié)合部位為與底物結(jié)合的基團(tuán),決定酶專一性;催化部位為催化底物敏感鍵發(fā)生化學(xué)變
化的基團(tuán),決定酶的催化能力。兩部位一般僅由幾個(gè)在高級(jí)結(jié)構(gòu)中十分靠近的AA殘基組成;钚灾行牡幕鶊F(tuán)均屬必需基團(tuán);必需基團(tuán)還包括那些在活性部位以外的,對(duì)維持酶活性中心空間構(gòu)象所必需的基團(tuán)。
測(cè)定酶活性中心的方法1、化學(xué)修飾法
選擇適當(dāng)?shù)幕瘜W(xué)試劑與酶蛋白中的氨基酸殘基的側(cè)鏈基團(tuán)發(fā)生反應(yīng),引起共價(jià)結(jié)合、氧化或還原等修飾,稱之為化學(xué)修飾。
缺點(diǎn):對(duì)酶活性中心以外的穩(wěn)定酶正?臻g結(jié)構(gòu)的一些氨基酸殘基側(cè)鏈的修飾也可能導(dǎo)致酶活性的喪失。
2、切除法
用專一性的酶切除一段肽鏈后剩余的肽鏈仍有活性,說(shuō)明切除的肽鏈與活性無(wú)關(guān),反之,切除的肽鏈與活性有關(guān)。此法多用于小分子且結(jié)構(gòu)已知酶的測(cè)定。
3、X-射線晶體結(jié)構(gòu)分析法
獲得純酶的X-射線晶體衍射圖譜以及酶同底物反應(yīng)后的X-射線圖譜,通過(guò)軟件
對(duì)比分析,即可直接確定酶的活性中心。
4、定點(diǎn)誘變法
通過(guò)改變編碼蛋白質(zhì)基因中的DNA順序,研究酶活性中心的必需氨基酸。e.g.1987年Craik將胰蛋白酶102位的Asp誘變成Asn后,其水解酯底物的能力為天然胰蛋白酶的萬(wàn)分之一。中間產(chǎn)物學(xué)說(shuō):E與S首先結(jié)合生成不穩(wěn)定的中間產(chǎn)物ES,然后ES再分解成P和原來(lái)的E底物濃度對(duì)υ的影響
米氏方程:
[S]>Km時(shí),υ=Vmax,零級(jí)反應(yīng);[S]=Km時(shí),υ=Vmax/2。
Km的物理意義當(dāng)酶促反應(yīng)速度達(dá)到最大速度一半時(shí)的底物濃度。雙倒數(shù)作圖法
y=ax+b
溫度對(duì)υ的影響
一定范圍內(nèi),T升高,活化分子數(shù)增多,υ加快;但當(dāng)T過(guò)高時(shí),酶蛋白(或核酸)變性失活,υ反而下降。酶只有在一定溫度時(shí)才顯示出最大活力,此時(shí)的溫度
稱為酶的最適溫度。
凡是能提高E活性、加速酶促反應(yīng)進(jìn)行的物質(zhì)都稱為該酶的激活劑。激活劑對(duì)酶有一定的選擇性,一種酶的激活劑對(duì)另一種酶來(lái)說(shuō)可能是抑制劑:競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用
特點(diǎn):①I與S結(jié)構(gòu)相似,競(jìng)爭(zhēng)E的結(jié)合部位,但對(duì)催化部位無(wú)影響;②提高底物濃度可解除抑制作用;
③Km值增大,Vmax不變。
抑制劑對(duì)υ的影響
失活作用:使酶蛋白變性而使酶活力喪失的作用。
抑制作用:一些專一性的小分子或離子并不引起酶變性,但會(huì)使酶活性中心的結(jié)構(gòu)和性
質(zhì)發(fā)生變化,從而引起酶活力下降。抑制劑:(inhibitor)能引起酶抑制作用的物質(zhì)。
抑制劑對(duì)酶的作用有一定選擇性,一種抑制劑只引起某一種或某一類酶活性降
低或喪失;而蛋白質(zhì)變性劑對(duì)酶的作用無(wú)選擇性。
不可逆抑制作用
I與E共價(jià)結(jié)合而使酶喪失活性,不能用透析或超濾的方法除去I而恢復(fù)酶活力,稱為不可逆抑制作用可逆抑制作用
I與E非共價(jià)結(jié)合,一般用透析或超濾的方法能除去抑制劑使酶恢復(fù)活力,稱為可逆抑制作用。
可逆抑制作用可分為競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用、非競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用和反競(jìng)爭(zhēng)性抑制作用。
同工酶:指催化相同的化學(xué)反應(yīng),但一級(jí)結(jié)構(gòu)、高級(jí)結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)乃至免疫學(xué)性質(zhì)不
完全相同的一組酶。同工酶存在于生物的同一種屬或同一個(gè)體的不同組織、甚至同一組織或細(xì)胞中。
誘導(dǎo)酶:指一般情況下不存在或含量很小,但在誘導(dǎo)過(guò)程中含量明顯增加的一類酶。
第三章核酸核酸按其所含糖類不同,可分為脫氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)兩類1、脫氧核糖核酸:dsDNAssDNA2、核糖核酸:mRNAmRNArRNA
核酸的生物學(xué)功能
核酸是遺傳信息的載體,也是遺傳和變異的物質(zhì)基礎(chǔ);
RNA參與蛋白質(zhì)的生物合成;
RNA具有催化、調(diào)節(jié)基因表達(dá)等功能。戊糖+堿基→核苷
戊糖+堿基+磷酸→核苷酸
雙螺旋基本特征:
兩條反向平行的多核苷酸鏈,一條為5’→3’,另一條為3’→5’,繞同一中心軸相互纏繞為右手螺旋
磷酸基團(tuán)與戊糖在外側(cè)形成DNA雙螺旋的骨架;堿基位于螺旋內(nèi)側(cè)。堿基按互補(bǔ)配對(duì)原則通過(guò)氫鍵相連
堿基平面與中心軸近乎垂直,相鄰堿基平面間的垂直距離為0.34nm。
雙螺旋直徑2nm;相鄰核苷酸間的夾角為36°,每圈10bp,螺距3.4nm。螺旋表面具有大溝和小溝。真核生物染色體組裝
DNA在組蛋白幫助下裝配成核小體RNA分子的共同特征:
大多數(shù)天然RNA分子為單鏈直線型多核苷酸鏈,鏈間以3’,5’-磷酸二酯鍵連接。堿基組成A、G、C、U,稀有堿基較多;戊糖是核糖;パa(bǔ)堿基可自身回折,在局部區(qū)域形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)(hairpin)或莖環(huán)結(jié)構(gòu)(stem-loop)。
二、tRNA的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)
70~90nt,分子量小,約25kd,4S;種類多。
5’端為polyG;3’端為CCA-OH序列,用來(lái)接受活化的AA。二級(jí)結(jié)構(gòu)為三葉草形結(jié)構(gòu)(四臂四環(huán))。三級(jí)結(jié)構(gòu)為倒L形。
含有較多修飾核苷酸(如Ψ,D等)。有的堿基很保守(如D)。
mRNA的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)原核生物:
1.多順?lè)醋樱阂粭lmRNA編碼多條肽鏈。2.邊轉(zhuǎn)錄邊翻譯。3.無(wú)修飾成份。
4.SD序列:mRNA5’先導(dǎo)區(qū)一段富含嘌呤堿的序列,位于起始密
碼子AUG前約10個(gè)nt處,多為5’-AGGAGGU-3’。它和核糖體16SrRNA的3’末端富含嘧啶堿的序列互補(bǔ),這與mRNA對(duì)核糖體快速識(shí)別有關(guān)。
真核生物:
單順?lè)醋樱阂粭lmRNA編碼一條肽鏈。
轉(zhuǎn)錄后再翻譯。
有修飾成份(甲基化、磷酸化)。
有m7G-5’ppp5’-Nm-3’p5’帽子結(jié)構(gòu)。
3’-polyA尾。
紫外吸收特性:核苷酸的嘌呤和嘧啶堿中含有共軛雙鍵,在260nm附近達(dá)到最大吸收值。變性:
核酸在加熱、極端pH、有機(jī)試劑、變性劑及機(jī)械力等作用下,發(fā)生氫鍵斷裂(不涉及共價(jià)鍵,堆積力破壞),雙螺旋分子變?yōu)閱捂湹倪^(guò)程。
增色效應(yīng):DNA分子變性后,堿基堆積不復(fù)存在,原先藏于螺旋內(nèi)部的堿基暴露出來(lái),這
使得DNA在260nm的吸收值比變性前明顯增加。
減色效應(yīng):指變性DNA的兩條互補(bǔ)單鏈在適當(dāng)條件下重新締合形成雙螺旋結(jié)構(gòu),其理化性
質(zhì)也隨之恢復(fù)的過(guò)程。復(fù)性后的DNA溶液在260nm處的吸收值比復(fù)性前明顯下降,這種現(xiàn)象稱為減色效應(yīng)。
核酸定量分析:
紫外分光光度法:利用堿基260nm的紫外吸收測(cè)定核酸的含量
定磷法:濃硫酸水解核酸之磷酸,酸性條件下磷酸與鉬酸形成磷鉬酸,用還原劑還
原磷鉬酸為鉬藍(lán),660nm比色測(cè)定含量定糖法第四章生物氧化
生物氧化(biologicaloxidation)指有機(jī)物在細(xì)胞內(nèi)氧化分解,最終生成CO2和H2O并釋
放出能量的過(guò)程,又稱為細(xì)胞氧化(cellularoxidation)、細(xì)胞呼吸或組織呼吸(tissuerespiration)。電子傳遞鏈:在生物氧化過(guò)程中,代謝物上的H原子被脫氫酶激活脫落后,以質(zhì)子和電子
的形式由線粒體內(nèi)膜上的一系列傳遞體依次傳遞,最終與被激活的O2生成H2O,由這些傳遞體組成的整個(gè)體系稱為電子傳遞鏈,又稱呼吸鏈。(二)組成
遞氫體:傳遞氫和電子;遞電子體:僅傳遞電子
1、煙酰胺腺嘌呤核苷酸:遞氫體2、黃素蛋白:遞氫體3、鐵硫蛋白:遞電子體4、泛醌:遞氫體5、細(xì)胞色素:遞電子體
(三)排列順序
底物脫下的H不活潑,不能直接傳給氧生成水,需要經(jīng)過(guò)呼吸鏈中電子遞體的傳遞。
呼吸鏈電子總是從低電位傳到高電位。主路:NADH氧化呼吸鏈支路:FADH2氧化呼吸鏈
氧化磷酸化(oxidativephosphorylation)指利用生物氧化過(guò)程釋放的自由能使ADP磷酸化為ATP的過(guò)程解偶聯(lián)劑:使電子傳遞與ADP磷酸化過(guò)程分離。它只會(huì)抑制ATP的生成;并不抑制電子
傳遞過(guò)程,而將電子傳遞所產(chǎn)生的自由能以熱形式散失。e.g.雙羥香豆素、三氯甲氧基苯腙羰基氰化物(FCCP)。
解偶聯(lián)劑只抑制電子傳遞鏈磷酸化,不影響底物水平磷酸化。
2,4-二硝基苯酚在pH7時(shí)以解離形式存在,不能穿過(guò)線粒體膜;酸性時(shí)以非解離形式
存在,易于穿過(guò)線粒體膜,可將一個(gè)質(zhì)子帶入膜內(nèi)基質(zhì),破壞電子傳遞形成的跨膜質(zhì)子梯度。
線粒體穿梭系統(tǒng):線粒體穿梭系統(tǒng)蘋果酸穿梭系統(tǒng)
能荷:能量載荷,簡(jiǎn)稱能荷,指總腺苷酸庫(kù)中(ATP、ADP和AMP濃度之和)高能磷酸
基(ATP)所占比例
第五章糖類
按聚合度分類:?jiǎn)翁牵翰荒鼙凰鉃楦》肿拥奶恰?/p>
寡糖:水解2-6個(gè)單糖分子的糖。
多糖:水解產(chǎn)物含10個(gè)以上單糖的糖。結(jié)合糖(復(fù)合糖):糖脂、糖蛋白、蛋白聚糖等。糖衍生物:糖醇、糖酸、糖胺、糖苷等。
單糖構(gòu)型:1單糖除二羥基丙酮外都含有手性碳原子,具有旋光構(gòu)體
2含多個(gè)手性碳時(shí),以距離羰基最遠(yuǎn)的手性碳上的-OH方向判斷糖構(gòu)型淀粉的生物合成直鏈淀粉:(α-1,4糖苷鍵)供體為ADPG、UDPG
淀粉磷酸化酶途徑:G-1-P+(G)n→(G)n+1+Pi
淀粉合成酶途徑:NDPG+(G)n→(G)n+1+NDPD酶:見于馬鈴薯和大豆
支鏈淀粉:(α-1,6糖苷鍵)
Q酶(分支酶)將直鏈變?yōu)橹ф溙墙徒猓褐冈谌毖趸蚬┭醪蛔愕那闆r下,葡萄糖降解為丙酮酸并伴隨著ATP生成的
過(guò)程。反應(yīng)在細(xì)胞質(zhì)中進(jìn)行,是原核生物和真核生物糖類物質(zhì)分解代謝的共同途徑,也是有機(jī)體獲得化學(xué)能的最原始的途徑。糖異生:由非糖物質(zhì)(甘油、乳酸、丙酮酸、草酰乙酸、生糖氨基酸等)合成葡萄糖的過(guò)程。
基本為EMP逆過(guò)程,但需繞過(guò)三個(gè)能障一個(gè)膜障。三羧酸循環(huán):指有氧條件下,葡萄糖在線粒體中經(jīng)過(guò)一系列反應(yīng)被徹底氧化分
化為CO2和H2O并產(chǎn)生能量的過(guò)程。它不僅是糖類代謝的主要
途徑,也是脂肪和蛋白質(zhì)代謝的最終途徑。
生物學(xué)意義:
是機(jī)體獲取能量的主要方式;是糖、脂肪和蛋白質(zhì)在體內(nèi)徹底氧化的共同代謝途
徑;是體內(nèi)三種主要有機(jī)物互變的聯(lián)結(jié)機(jī)構(gòu)。
磷酸戊糖途徑(PPP)在胞液中進(jìn)行,又稱磷酸己糖支路(HMS)、戊糖支路或磷酸葡萄糖
氧化途徑,是生物體內(nèi)糖類分解的一條需氧代謝途徑。約占植物糖代謝的
35%;動(dòng)物中的肝、骨髓、紅細(xì)胞和脂肪組織中此途徑比較旺盛。
(一)反應(yīng)歷程
氧化階段:包括脫氫、水解、脫氫脫羧3步反應(yīng)。非氧化階段(分子重組):以5-P-核酮糖為起點(diǎn),經(jīng)異構(gòu)、基團(tuán)轉(zhuǎn)移、重組磷酸已糖。
總反應(yīng)式:6G-6-P+12NADP++7H2O→5G-6-P+6CO2+12NADPH+12H++Pi
第六章脂類代謝一、脂的分類脂類為生物體中不溶于水而溶于有機(jī)溶劑的一類物質(zhì)的總稱。按生物學(xué)功能可分為:
貯存脂質(zhì):三酰甘油(脂肪)和蠟。
結(jié)構(gòu)脂質(zhì):各種生物膜的骨架都主要是由磷脂類構(gòu)成的脂雙層,固醇和糖脂也參
與膜的形成。
活性脂質(zhì):量小而具有重要的生物活性。如固醇類、萜類可為激素、維生素和色
素的重要前體。
β-氧化:
指FA在一系列酶作用下,α和β位碳原子之間發(fā)生斷裂,β碳原子氧化成酮基,并裂解生成含2個(gè)碳的乙酰CoA和較原先少2個(gè)碳的FA的過(guò)程。區(qū)別點(diǎn)細(xì)胞中發(fā)生部位酶系起始點(diǎn)引子原料轉(zhuǎn)運(yùn)方式二碳單位加入或裂解方式FA從頭合成胞質(zhì)6種酶、一個(gè)蛋白質(zhì)甲基端乙酰CoA檸檬酸轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)丙二酸單酰CoAβ-氧化線粒體4種酶羧基端脂酰CoA肉堿穿梭系統(tǒng)乙酰CoA;d體電子供體或受體羥脂酰化合物的中間構(gòu)型能量變化ACP-SHNADPHD-型消耗7個(gè)ATP、14NADPHCoA-SHFAD、NAD+L-型產(chǎn)生106個(gè)ATP
第七章
方式:半保留復(fù)制、半不連續(xù)復(fù)制DNA
模板的選擇性最大催化速率
核酸的生物合成
合DNA聚合酶Ⅲ
對(duì)小于100個(gè)nt的單鏈DNA模板作用最佳每秒高達(dá)150個(gè)nt
聚DNA聚合酶Ⅰ
適宜于大片段單鏈DNA模板每秒能聚合10個(gè)左右nt
酶:
逆轉(zhuǎn)錄酶的性質(zhì):RNA指導(dǎo)下的DNA聚合酶活力:利用RNA為模板,合成出一條與
之互補(bǔ)的DNA鏈,形成RNA-DNA雜合分子;
RNaseH(核糖核酸酶H)活力:具有5’→3’和3’→5’外切酶活力,可除去RNA-DNA雜交分子中的RNA;
DNA指導(dǎo)下的DNA聚合酶活力:可在新合成的DNA鏈上合成另一條互補(bǔ)DNA鏈,形成雙鏈DNA分子,即前病毒。
DNA損傷后的修復(fù)機(jī)制:1、錯(cuò)位修復(fù)2、直接修復(fù)3、切除修復(fù)4、重復(fù)修復(fù)5、SOS修復(fù)
RNA轉(zhuǎn)錄特征:1、以一條DNA為模板(反義鏈、(-)鏈或非編碼鏈):為不對(duì)稱轉(zhuǎn)錄
方式。2、底物為包括尿苷三磷酸在內(nèi)的4種NTP;
3、由RNA聚合酶催化:無(wú)需引物、無(wú)校讀功能(轉(zhuǎn)錄的忠實(shí)性大大低于復(fù)制);
/4、有啟動(dòng)子和終止子。
轉(zhuǎn)錄起始于DNA模板的一個(gè)特定位點(diǎn),并在一定位點(diǎn)處終止,這一轉(zhuǎn)錄區(qū)域稱為轉(zhuǎn)錄單位。一個(gè)轉(zhuǎn)錄單位可以是一個(gè)基因(真核),也可以是多個(gè)基因(原核)。
與DNA復(fù)制的相同之處:
要有模板;
新鏈延伸方向5’→3’;
堿基的加入嚴(yán)格遵循堿基配對(duì)原則
RNA合成的抑制劑:核苷酸合成抑制劑:氨基酸類似物;葉酸類似物;堿基和核苷類似物。
與DNA模板結(jié)合抑制劑:嵌合劑(放線菌素D),烷化劑(氮芥、硫芥、氮丙啶);
聚合酶抑制劑:利福霉素、利福平、曲張霉等
第八章蛋白質(zhì)生物合成
密碼子(codon):指mRNA上三個(gè)相鄰核苷酸組成的三聯(lián)體,每個(gè)三聯(lián)體對(duì)應(yīng)編碼一種AA。起始密碼子:AUG終止密碼子:UAAUAGUGA
密碼子特點(diǎn);1、閱讀方向5’→3’,無(wú)標(biāo)點(diǎn),不重疊(基因可以);
2、簡(jiǎn)并性:一個(gè)氨基酸可對(duì)應(yīng)多個(gè)密碼;且同義密碼子的使用頻率不一定相同。3、擺動(dòng)性:mRNA三聯(lián)體密碼子的前兩個(gè)核苷酸要求嚴(yán)格酸對(duì),但第三核苷酸允許
錯(cuò)配,可與tRNA反密碼子的第一個(gè)堿基擺動(dòng)配對(duì);
4、通用性:所有的生物幾乎共用一套字典,但不同生物線粒體不盡相同。我們把攜帶相同AA但反密碼子不同的一組tRNA稱為同工受體tRNA。2、tRNA表示方法:右上角標(biāo)注轉(zhuǎn)運(yùn)的AAMet:甲硫氨酸AA的活化在胞液中進(jìn)行
多肽鏈的合成:1起始2延伸1進(jìn)化2移位3轉(zhuǎn)肽3、終止
起始70S(30S+50S)有SD序列,小亞基先與mRNA結(jié)合fMet-tRNAfMetIF1、IF2、IF3延伸EF-Tu、EF-Ts、EF-G終止RF1、RF2、RF3原核真核80S(40S+60S)無(wú)SD序列,小亞基先與起始tRNA結(jié)合Met-tRNAiMet10多種eIFeEF1、eEF2eRF
第九章蛋白質(zhì)降解和氨基酸代謝
脫氨基作用:一)氧化脫氨基作用(主要方式)
指AA在酶作用下先脫去兩個(gè)H形成亞氨基酸,亞氨基酸再自動(dòng)與水反應(yīng)生成a-酮酸和氨(NH4+)的過(guò)程。(二)轉(zhuǎn)氨基作用
指α-AA和α-酮酸間由轉(zhuǎn)氨酶催化的氨基轉(zhuǎn)移反應(yīng)。
轉(zhuǎn)氨作用是肝外組織中AA脫氨的重要方式,除Gly、Lys、Thr、Pro外,其它AA都能參與轉(zhuǎn)氨基作用。
體內(nèi)轉(zhuǎn)氨酶種類繁多,其輔酶均為磷酸吡哆醛;大多數(shù)轉(zhuǎn)氨酶優(yōu)先利用α-酮戊二酸作為氨基受體。
脫氨基作用:體內(nèi)部分L-AA可在脫羧酶作用下,脫羧生成相應(yīng)的一級(jí)胺。生物體內(nèi)廣泛存
在脫羧酶,其輔酶為磷酸吡哆醛,但是His脫羧酶無(wú)需要輔基(生成組胺)。脫羧酶的專一性很高,一般一種AA對(duì)應(yīng)一種脫羧酶
NH3的去路:1再生為氨基酸2生成酰胺3生成銨鹽4生成其他含氮物質(zhì)5生成尿素生物固氮:指大氣中的分子氮在某些微生物體內(nèi)固氮酶的作用下還原為NH3,然后再被植
物吸收,用于合成氨基酸及其它含氮化合物的過(guò)程。
氨的同化:生物固氮和硝酸還原生成無(wú)機(jī)態(tài)氨,氨很快又可轉(zhuǎn)變成含氮有機(jī)化合物,這一
過(guò)程稱為氨的同化。轉(zhuǎn)氨基作用
轉(zhuǎn)氨酶催化可逆反應(yīng),即在AA分解代謝和合成代謝中均起作用。谷氨酸是氨基的轉(zhuǎn)換站,生物體內(nèi)任一條途徑合成的谷氨酸,經(jīng)轉(zhuǎn)氨基后可得到各種AA。
糖、脂及蛋白質(zhì)代謝的相互聯(lián)系
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